اتاق های عمل شامل هشت اتاق عمل ( جراحی عمومی ، ارتوپدی ،چشم ، کودکان و نوزادان ، ارولوژی ، فک و صورت . پلاستیک ،توراکس ، زنان و لاپاراسکوپی ) و سه اتاق عمل قلب میباشد که هر کدام به نوبه خود با توجه به اعمالی که در آنها صورت می گیرد ، دارای تجهیزات مدرن مختص به خود می باشد . علاوه بر 11 اتاق عمل فوق ، جهت جلوگیری از اتلاف وقت جراحان و بیماران ، دو اتاق عمل زنان در نظر گرفته شده است. . اتاق های عمل بیمارستان کسری بصورت کاملا استاندارد و باپیشرفته ترین تجهیزات و فن آوری روز دنیا مجهز شده است .بیماران با دستگاههای پیشرفته بیهوشی و با آخرین روشهای هوشبری و استفاده از داروهای پیشرفته روز دنیا و اندازه گیری عمق بیهوشی آماده عمل جراحی میگردند و در تمام طول عمل جراحی ، دستگاههای هشدار دهنده کوچکترین تغییرات را به سمع و نظر متخصص بیهوشی می رسانند . جراحان می توانند در حین عمل از همه امکانات لازم مانند دستگاههای قلب و ریه مصنوعی و پمپ ، میکروسکوپ های بسیار پیشرفته چشمی و جراحی مغز و وسایل جراحیهای میکروسکوپی ، لاپاراسکوپی بسیار پیشرفته با امکان عکسبرداری و فیلمبرداری حین عمل ، انواع وسایل آندوسکوپی و برونکوسکوپی قابل انعطاف و سخت ،مدیا ستینوسکوپی ، از وفاگو گاستروسکوپی ، رکتوسیگموسکوپی ،کولونوسکوپی ، سیستوسکوپی ، رزکتوسکوپی ، سنگ شکنی درون اندامی ، دستگاههای آندوسکوپی سینوس و نمونه برداری از غدد لنفاوی پستان با استفاده از رادیو ایزوتوپ ، . . . استفاده نمایند . امکان استفاده از بهترین مواد مصرفی با کیفیت عالی از جمله انواع نخهای روز دنیا ، پروتزها ، مش ها و لوله ها و درن ها و . . . نیز وجود خواهد داشت .